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沉淀分离法由于脂蛋白的组成及理化性质不同，在不同的聚阴离子和2价不同金属离子(Mn2+、Mg2+、Ca2+、Ni2+、Co2+)以及不同pH值条件下，使脂蛋白与聚阴离子结合形成复合物沉淀，以达到分离定量各种脂蛋白的目的。

如：肝素锰沉淀血清中VLDL和LDL，离心沉淀，HDL则留在上清液，再定量HDL量，即为血浆HDL的量。也可采用聚乙烯硫酸盐沉淀LDL，离心去上清液留沉淀，再定量沉淀其中的LDL，即血浆的LDL量。脂蛋白是一种既有蛋白质又有胆固醇，还有磷脂的复合体，如何定量，尚无一种较为理想的方法。目前仅以测定脂蛋白中胆固醇总量的方法作为脂蛋白的定量依据，即测定HDL、LDL或VLDL中的胆固醇，并分别称为高密度脂蛋白-胆固醇(HDL-C)、低密度脂蛋白-胆固醇(LDL-C)或极低密度脂蛋白-胆固醇(VLDL-C)。