感染衣原体的人可以在无保护的性行为中将这些细菌传播给其他人。病原体通常不会引起任何症状，或者最初只会引起轻微症状，例如阴道、阴茎或肛门瘙痒。如果发现感染，可以用抗生素轻松治疗。如果没有发生这种情况，细菌可能会导致严重问题，包括不孕症和癌症。

从日常临床实践中可以得知，抗生素成功治疗后可能会出现一种现象：当已经接受过治疗的人因新的衣原体感染而去看医生时，他们感染的细菌通常会与之前的感染完全相同。

衣原体专家、德国巴伐利亚州维尔茨堡朱利叶斯马克西米利安大学 (JMU) 生物中心微生物学系主任托马斯鲁德尔 (Thomas Rudel) 教授说：“因此，我们可以合理地假设，细菌在人体内找到了一个尚不脆弱的生态位，在那里形成了一个永久的储存库，并可以在以后再次活跃起来。”

这就是所谓的持久性。这是有问题的，因为在体内持续存在的衣原体会随着时间的推移对抗生素的耐药性越来越强。

实验性感染衣原体的肠道类器官

细菌在哪个生态位中存活?小鼠模型实验表明，衣原体可以在动物肠道中存活。在人类中，细菌似乎也恰恰在这个地方安家落户。