同卵双胞胎中肠道菌种的持久性 同居数十年后分居
阿拉巴马州伯明翰-您的指纹一生都保持不变。但是,在双胞胎的胆量中共有的微生物菌株的“指纹”又如何呢?
研究人员使用阿拉巴马大学伯明翰分校开发的基因组应变追踪生物信息学工具,研究了那些共享的细菌菌株在成年双胞胎(在一起生活了数十年)开始生活之后是否对饮食或环境的变化保持稳定并具有弹性。分开。
刊登在《PLOS ONE》杂志上的UAB研究分析了双胞胎对中的两个宏基因组测序数据库-一个用于仍然生活在一起的孩子,另一个用于36至80岁的成年双胞胎,然后他们分开生活了一个到59年。
UAB细胞,发育与整合系名誉教授Casey Morrow博士说:“年龄在36至80岁之间的成年双胞胎表明,一对双胞胎之间存在一定的分离力。”生物学。“虽然我们不知道双胞胎中这些共享微生物的起源,但这些结果表明,数十年来非同居双胞胎之间可能共享菌株。作为这些研究的必然结果,我们的研究建立了微生物菌株稳定性的时间表。在人类的肠道中。”
该研究使用了UAB以前开发的应变追踪生物信息学工具,称为基于窗口的相似性单核苷酸变异体(WSS)。UAB遗传与基因组学核心系的Hyunmin Koo博士领导了信息学分析。该研究产生了大约6 TB的数据,并在Cheaha UABgrid超级计算机和UAB信息技术研究计算小组的帮助下进行了分析。
Morrow及其同事在先前的几项应变追踪研究中都使用了这种微生物指纹工具。2017年,他们发现用于粪便艰难梭菌感染复发的患者粪便供体微生物在粪便移植后数月或数年仍留在接受者体内。在2018年,他们证明了通过肥胖手术导致的上消化道的变化导致了新菌株的出现,并且在2019年,他们对经过抗生素治疗的个体中新菌株的稳定性进行了分析。
当前的研究使用了来自8个双胞胎儿童个体和50个双胞胎成人个体的粪便样本的宏基因组测序数据库。
UAB研究人员发现,与分开生活一段时间后的成年双胞胎相比,仍生活在一起的儿童双胞胎中共有更多的共享菌株。在成年双胞胎中,分开生活不到10年的人比起分开生活更长的时间(从10到60年)的双胞胎拥有更多的相关菌株。
具体而言,在一起生活了79年然后分开生活1年的80岁双胞胎显示出最高的相关菌株对数。其次是在56岁的双胞胎中,他们在一起生活了51年,然后分开生活了5年;在73岁的双胞胎中,在一起生活了66年,然后分开了7年,发现了相关菌株对次之。和36岁的双胞胎分居19年。
在三对双胞胎中发现了单共享株,它们分开生活在22至54岁之间,但是这些零星的共享株与分居寿命没有相关性。
莫罗说:“尽管某些肠道微生物菌株在人中可以保持稳定,但在某些情况下甚至几十年来,宿主环境条件随时间的变化会影响肠道微生物群落的稳定性。”“这可能导致出现新菌株,这可能会影响对人类健康功能至关重要的微生物相互作用。”