手动构建的3D地图集提供了整个小鼠大脑的细胞水平视图。该参考大脑于5月7日发表在《细胞》杂志上，该参考大脑被称为艾伦小鼠大脑通用坐标框架，该图源于1,675只小鼠的连续双光子断层扫描图像。

“我们希望更广泛的神经科学界将其用作新的标准参考图集，”艾伦脑科学研究所的合著者Lydia Ng说。“通过使我们的地图集和相关工具开放访问，可以在相同的空间范围内更轻松地集成和比较整个社区生成的新数据和数据类型，并且随着我们对大脑结构的了解的发展，可以对地图集进行修改。”

“参考地图册是真正的多用途工具，可用于教神经解剖学，提供通用的命名法来识别大脑区域，支持分析以描述收集数据的位置，并代表我们对大脑结构组织的最新知识。”艾伦脑科学研究所的高级研究作者朱莉·哈里斯(Julie Harris)。

从历史上看，脑图谱的发展和完善与神经解剖学领域的发展共同发展。在过去的十年中，随着全脑映射项目的出现增加了新的数据类型并以丰富的新细节揭示了细胞体系结构，对小鼠脑神经解剖的知识有了巨大的发展。

哈里斯说：“现代数字参考图集必须不断发展以保持最新。”“然而，经典的标准图集并不能满足3D中这些细胞分辨率数据集的需求。因此，我们制作了一个真正的3D图集，可以用作生成的全脑数据集的标准解剖框架。”

将不同类型的数据集整合到CCFv3中，研究人员可以标记800多个大脑结构。通过这样做，研究人员确定了以前在标准小鼠脑图集中未描述的几种大脑结构，以及在其他图册中未描述的几个新神经纤维束。

Ng说：“鉴于每个数据集都揭示了某些小鼠大脑区域的独特标记模式，将所有这些数据类型结合起来应该相互补充或证实，这表明了在准确定义大脑结构方面的巨大方法优势。”

作者说，CCFv3具有比基于磁共振成像的当前任何现有3D小鼠大脑参考空间更高的空间分辨率。由于CCFv3是大量小鼠的平均值，因此可以用于研究在不同疾病状态下3D脑结构量的个体差异。另外，许多解剖学细节在普通大脑中很明显，而在任何单个小鼠大脑中都不容易分辨。

哈里斯说：“我们现在将此地图集用作许多大型项目的常见解剖参考空间，包括全脑电路图绘制，单细胞重建以及全面的脑细胞类型普查的产生。”“所有这些数据，以及我们反过来对大脑结构的了解，在某种程度上都需要更新的下一代3D地图集，尽管它可能是用不同的，更自动化的，数据驱动的方法构建的。”

这项工作是由艾伦脑科学研究所和美国国立卫生研究院资助的。