芬兰赫尔辛基大学的研究人员在新生小牛的肠道中发现了细菌DNA，代表了各种各样的细菌。以前认为胎儿在子宫内无菌条件下发育，延迟微生物定植直到出生后。

“犊牛是一种优秀的研究对象，因为它们在出生时尺寸方便。我们能够直接从新生牛犊的直肠采集微生物样本，使用无菌设备双重防止污染，不可能使来自外界的微生物干扰。”在人类婴儿的情况下，研究人员必须等待它们排便，这使得婴儿皮肤上的细菌很可能会污染样本，“兽医学院的医生Mikael Niku解释道。

新生牛犊的早期微生物群更像是成年奶牛的口腔而非粪便微生物群。

“人类婴儿也获得了类似的结果。然而，胎儿微生物群并不一定来自口腔，但可能在消化道开始时的其他地方，如瘤胃或小肠。收集活体动物的样本，“Mikael Niku说。

在反刍动物中，小肠对免疫系统的功能特别重要，因为产生抗体的B细胞在肠壁中成熟，而在人类中，这种过程发生在骨髓中。由兽医学院的Antti Iivanainen教授领导的研究小组发现，在牛群中，肠道免疫系统在出生前已经被激活。

出生后，小牛肠道细菌数量迅速增加。第一天后细菌数量已经很大，但大多数都来自埃希氏菌属。在出生后的第一周内，肠道微生物群多样化并逐渐开始获得成体粪便微生物群的特征。然而，幼犊的微生物群清楚地表明了它们的主要营养来源：牛奶。

现代DNA分析全面地说明了微生物群的组成。然而，样品中活细菌的存在仍然不确定，因为DNA在微生物死亡后也可以保存一段时间。该研究小组目前正在使用传统的细菌培养来确定胎儿是否有活微生物。

“对于大坝的免疫系统的成熟实际上已经足够了，因为它可以为胎儿提供易于加工的微生物碎片，”Niku说。

该小组正在研究其他家畜的早期微生物群，因为其目标是了解哺乳动物的整体现象。另一个目标是找出提供给水坝的饲料是否会影响新生儿的微生物群，同时还要检查免疫系统的发展。

“我们哺乳动物需要源自大坝或母亲的物种特异性肠道微生物群，以及后来生活在同一物种的其他成员。我们的发展通过与这些微观伙伴的相互作用发生，使我们的免疫系统能够识别朋友和打击有害的入侵者。确定这种对话的具体细节非常有趣。“

赫尔辛基大学Viikki研究农场的牛棚工作人员和一群精力充沛的兽医学生帮助研究人员收集直肠样本，监测夜间和白天的产犊情况。

“当产犊即将来临时，学生们在小牛从子宫出来的时刻赶紧跑到牛棚里采集样本。这是一个很好的例子，说明即使是早期学习的学生也可以参与研究，” Niku公司。