使用CRISPR / Cas9敲除筛选器，一个多机构研究团队系统地询问了乳腺癌和前列腺癌细胞中10,000多个叉头盒蛋白A1(FOXA1)和CTCF结合位点的必要性，从包含数百万个基因的巨大基因组干草堆中拔出了有用的针头转录因子结合位点。研究人员于2019年11月11日在PNAS上报告说，他们发现必需的FOXA1结合位点可充当协调附近必需基因表达的增强子。

儿童国家医院遗传医学研究中心首席研究员李伟博士说：“人类基因组中百分之九十九是非编码DNA，以前被认为是垃圾。”首席研究作者。“我们现在知道，基因组的非编码区可以在许多生物学功能(包括癌细胞的生长)中发挥重要作用。问题在于，没有好的方法来找出数百万个候选基因中哪一个是重要的。癌症生物学。”

虽然先前的技术询问了数百个非编码基因组区域，但李说他们的团队能够在一个实验中测试10,000多个位点。

总体而言，研究小组发现T47D细胞中的37个FOXA1结合位点是必不可少的，包括29个强FOXA1结合位点和8个接近必需基因的结合位点。研究小组写道，其中包括雌激素受体1(“ ER +乳腺癌细胞的主要转录因子”)和TRPS1(与ER +乳腺癌进展相关的另一种转录因子)。

李说，这项工作最令人兴奋的部分是他们开发的机器学习模型，用于预测哪些潜在的转录结合位点最重要，从而产生临床相关信息，将来可能对患者有所帮助。

“我们只是完成了第一步。我们需要改善机器学习模型。我们需要进行更多的实验。我们需要使用实验模型对细胞系进行测试。并且，我们最终希望开展临床试验来验证我们的人类的发现。”他说。“距离现在已经好几年了，但是我们希望有一天我们可以使用我们的机器学习模型来告诉患者基因组中哪些变异可能影响他们患癌症的风险。”