夏洛克·福尔摩斯与工藤新一（柯南）都以敏锐的洞察力和逻辑推理闻名，但这一次，工藤新一面临的是前所未有的挑战。电影《柯南绀碧之棺》中，神秘的蓝色宝石“绀碧之棺”引发了连环命案，案件背后隐藏着古老的家族秘密和惊人的科学阴谋。

故事从一名富豪的离奇死亡开始，现场没有明显的凶手痕迹，却留下了“绀碧之棺”的线索。工藤新一与兰被迫卷入这场谜团，同时，黑暗组织也在暗中行动。随着调查深入，他们发现这颗宝石不仅价值连城，还蕴含着一种能操控人类意识的技术。为了阻止灾难的发生，工藤新一必须揭开宝石的历史，并找到破解之法。

最终，在毛利小五郎的误打误撞以及灰原哀的技术支持下，真相浮出水面。原来，这一切是某位科学家为实现自己的野心所设下的陷阱。工藤新一利用智慧与勇气，成功阻止了危机，并将罪犯绳之以法。而那颗神秘的“绀碧之棺”，则被安全封存，成为人类历史上的又一段传奇。