衣原体和支原体是两种不同的微生物，它们在生物学特性和临床影响上存在显著差异。首先，从分类学角度来看，衣原体属于衣原体目、衣原体科，是一种专性细胞内寄生菌；而支原体则属于支原体目、支原体科，是目前已知能在无生命培养基中生长繁殖的最小的原核生物。

其次，它们的形态结构也有所不同。衣原体具有独特的发育周期，包括原体和始体两种形态，其中原体是感染形式，始体则是繁殖形式。相比之下，支原体没有细胞壁，形态多样，通常呈现为球形、杆形或丝状。

此外，这两种微生物引起的疾病也不同。衣原体感染常见于眼部、生殖系统等部位，可引起沙眼、非淋菌性尿道炎等疾病。而支原体感染则可能涉及呼吸系统，导致肺炎等症状。因此，在诊断和治疗过程中需要根据具体情况进行区分。

总之，尽管衣原体和支原体都属于微生物界，但它们在多个方面存在明显差异，这使得它们在医学研究与临床应用中有着各自独特的价值。